Como usuario de Waze 5.0.0.3 (release) en Android Auto, los favoritos no aparecen con el orden que tengo en Waze directamente. En el dispositivo, tengo los marcadores ordenados alfabéticamente y en Android Auto, aparece desordenados.
No dí con algún error similar dentro de esa versión. Podrías preguntar o indicar el error encontrado en este foro dedicado
Edit
Puede que esté hilo sea parecido al de tu problema.
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